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MSP是一種簡便、特異的、敏感的檢測單基因甲基化的方式。其基本原理是用亞硫酸氫鈉處理基因組DNA，未甲基化的胞嘧啶變成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不變，然后用3對特異性的引物對所測基因的同一核苷酸序列進行擴增。擴增產(chǎn)物用DNA瓊脂糖凝膠電泳，凝膠掃描觀察分析結(jié)果。
此原理的關(guān)鍵在于3對特異引物的設(shè)計。引物序列設(shè)計在富含胞嘧啶區(qū)域以區(qū)別亞硫酸氫鈉處理后轉(zhuǎn)化的非甲基化的DNA與未轉(zhuǎn)化的甲基化的DNA，在引物的3’端，至少含有3個CpG位點，以保證區(qū)別甲基化與非甲基化DNA。野生型引物對直接根據(jù)基因組的待測序列設(shè)計。
甲基化引物對與非甲基化引物對分別根據(jù)待測序列的CpG位點甲基化與非甲基化時，經(jīng)亞硫酸氫鈉轉(zhuǎn)化后的序列設(shè)計。野生型引物只能擴增出未經(jīng)亞硫酸氫鈉處理的基因片段，甲基化引物對與非甲基化引物對只能分別擴增甲基化與非甲基化的基因片段，由此達到檢測基因甲基化的目的。
甲基化引物對與非甲基化引物對分別根據(jù)待測序列的CpG位點甲基化與非甲基化時，經(jīng)亞硫酸氫鈉轉(zhuǎn)化后的序列設(shè)計。野生型引物只能擴增出未經(jīng)亞硫酸氫鈉處理的基因片段，甲基化引物對與非甲基化引物對只能分別擴增甲基化與非甲基化的基因片段，由此達到檢測基因甲基化的目的。
