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MSP是一種簡便、特異的、敏感的檢測單基因甲基化的方式。其基本原理是用亞硫酸氫鈉處理基因組DNA，未甲基化的胞嘧啶變成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不變，然后用3對特異性的引物對所測基因的同一核苷酸序列進(jìn)行擴(kuò)增。擴(kuò)增產(chǎn)物用DNA瓊脂糖凝膠電泳，凝膠掃描觀察分析結(jié)果。
此原理的關(guān)鍵在于3對特異引物的設(shè)計。引物序列設(shè)計在富含胞嘧啶區(qū)域以區(qū)別亞硫酸氫鈉處理后轉(zhuǎn)化的非甲基化的DNA與未轉(zhuǎn)化的甲基化的DNA，在引物的3’端，至少含有3個CpG位點，以保證區(qū)別甲基化與非甲基化DNA。野生型引物對直接根據(jù)基因組的待測序列設(shè)計。
甲基化引物對與非甲基化引物對分別根據(jù)待測序列的CpG位點甲基化與非甲基化時，經(jīng)亞硫酸氫鈉轉(zhuǎn)化后的序列設(shè)計。野生型引物只能擴(kuò)增出未經(jīng)亞硫酸氫鈉處理的基因片段，甲基化引物對與非甲基化引物對只能分別擴(kuò)增甲基化與非甲基化的基因片段，由此達(dá)到檢測基因甲基化的目的。
甲基化引物對與非甲基化引物對分別根據(jù)待測序列的CpG位點甲基化與非甲基化時，經(jīng)亞硫酸氫鈉轉(zhuǎn)化后的序列設(shè)計。野生型引物只能擴(kuò)增出未經(jīng)亞硫酸氫鈉處理的基因片段，甲基化引物對與非甲基化引物對只能分別擴(kuò)增甲基化與非甲基化的基因片段，由此達(dá)到檢測基因甲基化的目的。
